雙脫氧末端終止法測序的基本步驟包括哪些

時間 2021-09-04 06:52:28

1樓:科普小星球

以雙鏈dna測序為例,雙脫氧末端終止法的基本步驟包括:變性雙鏈模板的製備和延伸和終止反應。

1、變性雙鏈模板的製備

① 取1.5ml處於對數生產期的培養菌液(含有待測病毒核酸的重組質粒模板),離心除去上清液後,用150ml tris/葡萄糖緩衝液重懸菌團,在室溫下放置5分鐘。

② 加入300ml的1%sds,0.2mol/l naoh,顛倒混合約15次,在室溫下放置15分鐘,加入225ml 3mol/l醋酸鈉(ph4.5),顛倒約15次混合,在冰浴中放置45分鐘,離心5分鐘。

③ 將650ml上清液轉移至一支新管中,加入650ml異丙醇,混合後在室溫下放置10分鐘,離心5分鐘後棄去異丙醇,抽真空乾燥沉澱。

④ 用125ml te(ph 8.0)重新溶解dna,加入375ml的4mol/l licl,在冰浴中放置20分鐘後,於4℃下離心5分鐘。

⑤ 將上清液轉移至一支新管中用飽和苯酚抽提後再用氯仿抽提,加入2倍體積的異丙醇,在室溫下沉澱30分鐘,離心5分鐘,棄去上清液。

⑥ 用冰冷的70%乙醇洗沉澱,離心5分鐘,棄去上清液並乾燥,用50ml te緩衝液重新溶解沉澱。用紫外分光光度計測定質粒dna含量。

⑦ 取0.2mg質粒dna,並將體積調至9ml,加入1ml 2mol/l naoh,2mmol/l edta,在室溫下放置5分鐘,加入2ml 30mol/l醋酸鈉(ph 4.5)和8ml水。

⑧ 加入6ml冰冷無水乙醇,混合後在乾冰/乙醇浴中放置15分鐘,在4℃下離心5分鐘,小心地棄去上清液,用冰冷的70%乙醇洗沉澱,離心5分鐘並小心地棄去上清液,真空抽乾沉澱,並用te緩衝液重新溶解沉澱。

2、延伸和終止反應

以利用t7dna聚合酶進行的雙脫氧鏈終止反應為例。

① 取4支0.5ml小離心管,標上g、a、t、c,每管加入7ml變性的雙鏈dna模板(分別為1和2mg),1ml寡核苷酸引物和2ml 5×測序緩衝液混合,65℃保溫2分鐘,在室溫下冷卻30分鐘。

② 每管加入1ml 0.1mol/l dtt,2ml 1.5mol/l 3種dntp混合物,0.

5ml32p datp和2ml(2iu)修飾的t7dna多聚酶混合物,在室溫下放置5分鐘。

③ 按標記每管分別加入3ml 4種ddntp終止混合物的一種。

④ 短促離心後,在37℃下保溫5分鐘。

⑤ 加入5ml甲醯胺上樣緩衝液,上樣前在80℃下加熱2分鐘,並迅速置於冰浴上,每個樣品取3ml,上樣電泳。

⑥讀取合成鏈的核苷酸序列。

擴充套件資料

延伸和終止反應中測序反應物電泳和序列讀取的注意事項:

(1) 按普通聚丙烯醯胺凝膠製作方法製作梯度膠。

(2) 按g、a、t、c次序加入每種樣品,在g、a和t各泳道上樣1ml,而在c泳道上樣1.5ml。

(3) 上樣完畢加壓1700v電泳,根據樣品中溴酚藍和二甲苯青染料遷移情況確定電泳時間。

(4) 電泳完畢,在10℃冰醋酸中漂洗30分鐘脫去尿素。

(5) 在60℃或80℃乾燥30分鐘後,放射自顯影讀取序列。

2樓:楊風遊

雙脫氧末端終止法

在模板指導下,聚合酶不斷將dntp加到引物的3』-oh末端,使引物延長,合成出新的互補的dna鏈,如果加入雙脫氧三磷酸核苷(ddntp),由於雙脫氧核醣的3』位置上缺少乙個羥基,故不能同後續的dntp形成磷酸二酯鍵,即形成一種全部具有相同5』-引物端和以ddnmp殘基為3』端結尾的一系列長短不一片段的混合物。採用聚丙烯醯胺凝膠電泳區分長度差乙個核苷酸的單鏈dna,從而讀取dna的核苷酸序列。

雙脫氧鏈終止法  是現在應用最多的核酸測序技術,由sanger等2023年提出。

其原理是:核酸模板在核酸聚合酶、引物、四種單脫氧鹼基存在條件下複製或轉錄時,如果在四管反應系統中分別按比例引入四種雙脫氧鹼基,只要雙脫氧鹼基摻入鏈端,該鏈就停止延長,鏈端摻入單脫氧鹼基的片段可繼續延長。如此每管反應體系中便合成以共同引物為5』端,以雙脫氧鹼基為3』端的一系列長度不等的核酸片段。

反應終止後,分四個泳道進行電泳。以分離長短不一的核酸片段(長度相鄰者僅差乙個鹼基),根據片段3』端的雙脫氧鹼基,便可依次閱讀合成片段的鹼基排列順序。

(一) sanger雙脫氧鏈終止法(酶法)測序程式 操作程式是按dna複製和rna反轉錄的原理設計的。

1.分離待測核酸模板,模板可以是dna,也可以是rna,可以是雙鏈,也可以是單鏈。

2.在4只試管中加入適當的引物、模板、4種dntp(包括放射性標記datp,例如?32 pdatp和dna聚合酶(如以rna為模板,則用反轉錄酶),再在上述4只管中分別加入一種一定濃度的ddntp(雙脫氧核苷酸)。

3.與單鏈模板(如以雙鏈作模板,要作變性處理)結合的引物,在dna聚合酶作用下從5』端向3』端進行延伸反應,32p隨著引物延長摻入到新合成鏈中。當ddntp摻入時,由於它在3』位置沒有羥基,故不與下乙個dntp結合,從而使鏈延伸終止。

ddntp在不同位置摻入,因而產生一系列不同長度的新的dna鏈。

4.用變性聚丙烯醯胺凝膠電泳同時分離4只反應管中的反應產物,由於每一反應管中只加一種ddntp(如ddatp),則該管中各種長度的dna都終止於該種鹼基(如a)處。所以凝膠電泳中該泳道不同帶的dna 3』 末端都為同一種雙脫氧鹼基。

5.放射自顯影。根據四泳道的編號和 每個泳道中dna帶的位置直接從自顯影圖譜上讀出與模板鏈互補的新鏈序列。

雙脫氧鏈終止法的sanger雙脫氧鏈終止法(酶法)測序程式

3樓:匿名使用者

(一) sanger雙脫氧鏈終止法(酶法)測序程式 操作程式是按dna複製和rna反轉錄的原理設計的。

1.分離待測核酸模板,模板可以是dna,也可以是rna,可以是雙鏈,也可以是單鏈。

2.在4只試管中加入適當的引物、模板、4種dntp(包括放射性標記的ddntp,例如32p ddntp和dna聚合酶(如以rna為模板,則用反轉錄酶),再在上述4只管中分別加入一種一定濃度的ddntp(雙脫氧核苷酸)。

3.與單鏈模板(如以雙鏈作模板,要作變性處理)結合的引物,在dna聚合酶作用下從5』端向3』端進行延伸反應,32p隨著引物延長摻入到新合成鏈中。當ddntp摻入時,由於它在3』位置沒有羥基,故不與下乙個dntp結合,從而使鏈延伸終止。

ddntp在不同位置摻入,因而產生一系列不同長度的新的dna鏈。

4.用變性聚丙烯醯胺凝膠電泳同時分離4只反應管中的反應產物,由於每一反應管中只加一種ddntp(如ddatp),則該管中各種長度的dna都終止於該種鹼基(如a)處。所以凝膠電泳中該泳道不同帶的dna 3』 末端都為同一種雙脫氧鹼基。

5.放射自顯影。根據四泳道的編號和每個泳道中dna帶的位置直接從自顯影圖譜上讀出與模板鏈互補的新鏈序列。

雙脫氧法dna測序的基本原理是什麼

4樓:下限醬

dna測序技術,即測定dna序列的技術。在分子生物學研究中,dna的序列分析是進一步研究和改造目的基因的基礎。目前用於測序的技術主要有sanger等(1977)發明的雙脫氧鏈末端終止法和 maxam和 gilbert(1977)發明的化學降解法。

這二種方法在原理上差異很大,但都是根據核苷酸在某一固定的點開始,隨機在某乙個特定的鹼基處終止,產生 a,t,c,g四組不同長度的一系列核苷酸,然後在尿素變性的page膠上電泳進行檢測,從而獲得dna序列。目前 sanger測序法得到了廣泛的應用。

sanger 法測序的原理就是利用一種dna聚合酶來延伸結合在待定序列模板上的引物。直到摻入一種鏈終止核苷酸為止。每一次序列測定由一套四個單獨的反應構成,每個反應含有所有四種脫氧核苷酸三磷酸(dntp),並混入限量的一種不同的雙脫氧核苷三磷酸(ddntp)。

由於ddntp缺乏延伸所需要的3-oh基團,使延長的寡聚核苷酸選擇性地在g、a、t或c處終止。終止點由反應中相應的雙脫氧而定。每一種dntps和ddntps的相對濃度可以調整,使反應得到一組長幾百至幾千鹼基的鏈終止產物。

它們具有共同的起始點,但終止在不同的的核苷酸上,可通過高解析度變性凝膠電泳分離大小不同的片段,凝膠處理後可用x- 光膠片放射自顯影或非同位素標記進行檢測。

5樓:淡定的思考做事

將四條一樣dna放到四個相同的試管,四(1,2,3,4)個試管原料的組成為:datp、dgtp、dctp、dttp、ddatp;datp、dgtp、dctp、dttp、ddgtp;datp、dgtp、dctp、dttp、ddctp;datp、dgtp、dctp、dttp、ddttp。這樣在1,2,3,4試管中遇到a,g,c,t鹼基就會有繼續或停下兩種可能,所以產生不同的片段。

然後再電泳,根據各個片段的長短,讀出序列。

6樓:紅色の狐狸喵

sanger法測序是酶法測序

雙脫氧鏈終止法的原理

7樓:鬱悶的太陽

雙脫氧鏈終止法是現在應用最多的核酸測序技術(也即第一代dna測序技術),由sanger等2023年發明提出。主要用於dna基因分析。其原理是:

核酸模板在核酸聚合酶、引物、四種單脫氧鹼基存在條件下複製或轉錄時,如果在四管反應系統中分別按比例引入四種雙脫氧鹼基,只要雙脫氧鹼基摻入鏈端,該鏈就停止延長,鏈端摻入單脫氧鹼基的片段可繼續延長。

如此每管反應體系中便合成以共同引物為5』端,以雙脫氧鹼基為3』端的一系列長度不等的核酸片段。反應終止後,分四個泳道進行電泳。以分離長短不一的核酸片段(長度相鄰者僅差乙個鹼基),根據片段3』端的雙脫氧鹼基,便可依次閱讀合成片段的鹼基排列順序。

sanger雙脫氧鏈終止法(酶法)測序程式 操作程式是按dna複製和rna反轉錄的原理設計的。

1.分離待測核酸模板,模板可以是dna,也可以是rna,可以是雙鏈,也可以是單鏈。

2.在4只試管中加入適當的引物、模板、4種dntp(包括放射性標記的ddntp,例如32p ddntp和dna聚合酶(如以rna為模板,則用反轉錄酶),再在上述4只管中分別加入一種一定濃度的ddntp(雙脫氧核苷酸)。

3.與單鏈模板(如以雙鏈作模板,要作變性處理)結合的引物,在dna聚合酶作用下從5』端向3』端進行延伸反應,32p隨著引物延長摻入到新合成鏈中。當ddntp摻入時,由於它在3』位置沒有羥基,故不與下乙個dntp結合,從而使鏈延伸終止。

ddntp在不同位置摻入,因而產生一系列不同長度的新的dna鏈。

4.用變性聚丙烯醯胺凝膠電泳同時分離4只反應管中的反應產物,由於每一反應管中只加一種ddntp(如ddatp),則該管中各種長度的dna都終止於該種鹼基(如a)處。所以凝膠電泳中該泳道不同帶的dna 3』 末端都為同一種雙脫氧鹼基。

5.放射自顯影。根據四泳道的編號和每個泳道中dna帶的位置直接從自顯影圖譜上讀出與模板鏈互補的新鏈序列。

什麼是雙名,雙名法命名格式是什麼

畫堂晨起 名為兩個字的稱之為雙名,比如諸葛亮的岳父黃承彥。相對而言,名字為一個字的就是單名。比如說諸葛亮,姓諸葛,單名一個亮字。雙名的介紹方法則是如 姓黃,雙名上承下彥。諸葛亮 181年 234年10月8日 字孔明,號臥龍,琅琊陽都 今山東省沂南縣 人,三國時期蜀漢丞相,中國古代傑出的政治家 軍事家...

求助新勞動法專家,企業終止無固定期限合同的賠償,感激

用人單位解除或者終止無固定期限勞動合同,是否給予補償,要看解除或終止原因。勞動合同履行期間,用人單位可以依據 勞動合同法 第三十六條 第三十九條 第四十條 第四十一條規定解除合同。有 勞動合同法 第四十四條規定情形的,合同終止。勞動者違法違紀,用人單位依據 勞動合同法 第三十九條規定解除合同,不僅不...

雙鹼法脫硫塔結構怎麼處理

不講雙鹼法,只講結垢 垢的形成機理 1.1 溼 幹 結垢的形成 由於漿液中含有caso4 caso3 caco3及飛灰中含有矽 鐵 鋁等物質,這些物質具有較大的粘度,當漿液碰撞到塔壁時,它們中的部分便會粘附於塔壁而沉降下來。同時,由於煙氣具有較高的溫度,加快沉積層水分的蒸發,使沉積層逐漸形成結構緻密...